这是一个关于棒球、青春与极限逆转的热血物语。故事发生在“平成男子高中”，这里有一支垫底的棒球队“巨棒队”，因常年惨败而被戏称为“软脚虾队”。球队经理·热血少女白鸟莺，为拯救球队，意外启动了沉睡在老旧器材室的神秘“棒球魂晶”，唤醒了三位来自不同时空、性格各异的传奇棒球英灵。从此，巨棒队开启了一段“人鬼同队”的炸裂征程。毒舌的古代武士·鬼丸刚、豪迈的昭和全垒打王·豪田猛、冷静的未来棒球AI·击球手Zero，他们不仅拥有超凡球技，更带着各自时空的棒球哲学。这支组合怪异的队伍，在嘲笑与质疑中，用一场场匪夷所思的胜利，冲击甲子园的至高荣耀，诠释着跨越时代的棒球之魂。
地区预选赛决赛，面对最强对手“帝京高中”，巨棒队第九局下半仍落后5分。鬼丸刚用他的“瀑布挥棒”原理，教导主角·佐藤大树看穿投手球的“呼吸”。大树在满垒、两好三坏的绝境下，放弃挥棒，利用身体记忆触身球上垒，虽未直接得分，但那份“为了团队甘愿被砸”的觉悟，彻底点燃了全队的逆转狼烟。
豪田猛的英灵突然变得虚弱，因为他的曾孙女·豪田樱被对手挖角，陷入退队风波。豪田猛附身在白鸟莺身上，用一记跨越时空的“昭和人情味直球”与樱对决。他在投手丘上喊出：“棒球不是交易，是与伙伴用汗水写下的契约！”樱泪流满面，选择留队，而豪田猛也因此重获新生，力量大增。
击球手Zero计算出获胜概率仅有1%，建议放弃比赛保存实力。但队长·长谷川不肯，他回忆起Zero生前（未来）因过度依赖数据而输掉人生的故事。长谷川用一记完全不合逻辑的“触击短打”扰乱对方防守，突破了Zero的演算。Zero第一次承认：“有些球，是数据无法捕捉的，它叫‘人心’。”
鬼丸刚的实体化时间即将耗尽，他的时代在明治维新时便已终结。他决定用最后的灵力，传授给捕手·山田一套古代剑术的“呼吸法”，用于配球。在传授过程中，山田看到了鬼丸刚年轻时在战火中仍坚持打棒球的执念，深受震撼。鬼丸刚消散前大笑：“我的球魂，由你延续！”
白鸟莺为了让英灵们实体化，需要不断收集“观众的热情”作为能量。她独自前往街头进行“为了球队，请看我表演杂耍投球”的羞耻募捐。就在她快要放弃时，一群曾经被巨棒队糟糕表现逗笑的小学生为她加油，收集到的笑声化作了强力的能量晶石，让她第一次感受到了作为经理的使命与荣耀。
因战绩太差，学校理事会决定废掉棒球部。白鸟莺为保住社团，在深夜潜入器材室整理资料，意外触碰到了那枚祖传的“棒球魂晶”。魂晶碎裂，三位英灵初次显形。武士鬼丸刚一脚踢飞了废部通知书，全垒打王豪田猛则扛起球棒，对目瞪口呆的白鸟莺咧嘴一笑：“小丫头，带路，去球场教教他们什么叫真正的棒球。”